カナンの中に眠るデータを解析しようとした矢先、マーグリスが立ちはだかる。
「言ったはずだ！外道に堕した姦人に、祖父の剣は継がせはしないと！」（ジン）
オリジナルゾハルの下、シオンはようやくセシリーとキャスに出会うが――。
「そうよ、私にはいまもあの子たちのお姉さんの声が聞こえる。」（シオン）
辛い決断を下したシオンの前に教皇セルギウスが姿を現し、ペレグリーの駆るイサカルも立ちはだかった。そしてプロトΩが起動する―――
「彼女は、おのれのなすべきことに迷いを抱いてはいません。 ならば、こちらも迷うわけにはいかないでしょう。道半ばで斃れるわけにいかぬのなら──！」（ジン）
プロトΩによって破壊されていく旧ミルチア。シオンはそれを、見つめることしかできなかった―――。
「あなたの言うとおり、 ミルチアへ来たのに──。 ミルチアが破壊されたのに──」（シオン）
旧ミルチアは破壊されたが、オリジナルゾハルを巡る争いはまだ続いていた。 連邦艦隊優位の情勢下、セルギウスはマーグリスに命令を下すが―――。
「残念だよ、マーグリス。我が行く道、かつての同志の血で塗り固めていくことになろうとはな。」 （セルギウス）
プロトΩを破壊すべく、シオンらはΩシステムへとむかう。そこにはアルベドの姿も―――
「愚か者め──プロトΩと融合した私に、そのような攻撃が効くと思うてか。 愚鈍の報いを受けるがいい──！」（セルギウス）
謎の外套者たちの出現、そしてウ・ドゥの目覚め――。ついに局所事象変移が起きてしまった。
「安心しろ、貴様は天上へ直行だ。寄り道の予定は──ねえ」（蒼い外套者）「あれは──第三種兵装!?じゃあ、まさか──ネピリムの言っていた未来って──」（シオン）
局所事象変移の拡大は時間の問題だった。その源にはアルベドが―――。 Jr.に、父・ディミトリ・ユーリエフからの命令が―――。
「その名前で呼ぶんじゃねえ。俺はガイナン・クーカイ・Jr.だ。」（Jr.）
二人を救えなかったことを悔やむシオンは、ジンにその思いをぶつける。
「私なんかに─なにも、できやしない─みんな、私なんかに期待しないでよ─！」（シオン）
「愚かしい？この高揚感、貴様には永久にわかるまい！」（アルベド）
