モモは無事に意識を取り戻し、自身のモデルである故サクラ・ミズラヒの遺志を受け継いでいくことを決意する。しかし、Y資料は流出、アルベドによって旧ミルチアへと至る扉は開かれグノーシスが大量に出現する。ウ・ドゥは目覚めるのか、14年前の悲劇が繰り返されるのか―――？ 各勢力は旧ミルチアへオリジナルゾハル奪還のために動き出した。 そんな中、曙光に戻ったシオンはヴェクターの通常業務に復帰するはずだったが――。
14年の時を経て、オリジナルゾハルの眠る旧ミルチアへの扉が開かれた。移民船団も、ゾハルを奪還すべく動きを開始する。
「殊勝だな。だが、剣の価値は、ただ切れ味のみによって定まるもの。 そうであろう？」（セルギウス）
曙光に戻る前の一時、モモらに街を案内するシオンだが、Jr.の特S非常帯に通信が――。
「うちが注文したのは、『漫才古典こてん』やで！ なんで『落語一万席』なんぞ送ってよこすんや！」（メリィ）
連邦主星では、復活したディミトリ、シトリン、そしてリューリックが密談を交わしていたが、ディミトリの復活はまだ完全ではなかった。
「罰は罪より先に用意されていた。 いいえ───これは罪ではない、栄光なのよ」（シトリン）
ファウンデーションにもグノーシスが襲来。U.M.N.が阻害されE.S.を呼び出すことが出来ず生身で必死に戦うシオン達だが、グノーシスの圧倒的な力の前に絶体絶命の危機に陥る。その時、ヴェクターニ局では―――。
「そんな！こいつにはプロテクトがかかってるわけじゃないんですよ！ 起動プログラムが存在しないはずなのに──何故！」（二局技官）
実戦用筐体に換装したKOS-MOSそして、システムDINAの起動によりE.S.ディナが現れる。 懐かしい感覚を覚えるシオン。そして、何かを決意せんとするケイオス。
「この懐かしい気持ちは、ケビン先輩の──？ ううん、もっと昔から知っているような気がする────」（シオン） 「──もう、これ以上、 彼の意志に流され続けるわけには、いかない──」（ケイオス）
“傍観者”“木星動乱”“監視者”“封印者恐慌”“アニマの器”“干渉悲劇”そして“イェオーシュア”――。ケイオスとヴィルヘルムとの間で交わされる謎の会話。
「だから──そんなにも思い悩むんだね。可哀想なイェオーシュア。」（ヴィルヘルム）
旧ミルチアに向かうJr.達と別れ、曙光に戻ったシオンには三局分室室長という辞令が下る。そんな彼女の目の前にあの2人が――。
「私の妹たちが囚われている檻。ゾハルのために造られた、冷たい牢獄。」（フェブロニア）
一方、Jr．達はエルザで旧ミルチアへと向かおうとしていた。
「パパがモモを産み出してくれた惑星［ほし］へ──行かなきゃならない気がするんです」（モモ）
ネピリムらに促されたシオンに1通のメールが―――。それはKOS-MOSのファウンデーションへの貸与とシオンとアレンにはそのバックアップを命じるヴィルヘルムからの辞令だった。喜んでシオン達を迎える一行だったが、しかし、ケイオスだけは―――。
「これでまた美味い食事にありつけるってもんっす！」（ハマー） 「ふふ──カレーでよければ、いくらでも」（シオン）
シオンらを送り出したヴィルヘルムは緋・黒・蒼の外套者らと語り合う。
「しかし、彼らにはもう少し、自分の役どころを理解してもらう必要があるね」（ヴィルヘルム）
一方、ヘルマーの元にはディミトリから、協力要請が入った。
「あの人ならば、透視能力くらいは持っていそうだ。 少なくとも、黄泉から帰還することに比べれば、たいした力ではありませんからね」（ジン）
旧ミルチアに向かうエルザの進路に、突如艦隊戦が展開。ゾハルエネルギーの利用に長けた移民船団の猛攻に対し連邦艦隊はU.R.T.V.を利用した生体兵器を繰り出すが―――。
「我々は人類社会全体の幸福に寄与するために、艦隊を派遣しているのです。 それを邪魔するなど──」（リューリック）
その艦隊戦の最中、移民船団の巨大星間船が姿を現す。
「あの機動要塞の中に、いくつかのE.S.を感じる。 そのうちの1機は ──多分、シメオンだ」（ケイオス）
進路を塞ぐそれにE.S.で侵入するシオン達。その前に敵の機動兵器が立ちはだかるが―――。
「──久しぶりにその技を拝見しました、ジン・ウヅキ大尉」（ケイオス）
ジンを仲間に加えた一行。彼らの前に、スキュータム、パイラム、そしてシメオンの3体が―――。
「これでもゾハルへ至る道を急ぐ身なんでなぁ。敬虔な巡礼のように、 脇目を振りつつ廻っていくわけにはいかないのさ」（アルベド）
旧ミルチアに降り立った一行。そこはかつての面影はなく、ラビュリントスの象徴であるタワーが辛うじて形をとどめていた。
「いずれ話せる時が来るわ。すべての始まりであったあのとき、あの場所―― あのミルチアへ行けば――そうすれば――」（ネピリム）
一行はラビュリントスに向かうが、同様に、謎の外套者達も旧ミルチアに集まっていた。
「では、残り物をいただくとしよう。半端者だが、私は気にしない」（黒い外套者）
ラビュリントスタワーを目前に、シオンは1人、突如E.S.を降りて、ある建物に向かってしまう。だが、その場所は無残にも―――。
「こいつのお綺麗な仮面を引っぺがしてやろうと思ったら、 手を貸してやる必要はなかったな」（蒼い外套者）
ラビュリントスに突入を果たした一行だが、その先にはまだ幾多の試練が待ち受ける―――
