幾多の悲しい別れの後、巡洋艦ヴォークリンデを脱出した、主人公シオン・ウヅキとその部下アレン・リッジリー、アンドリュー・チェレンコフ中佐の3人は、航宙貨客船エルザに救助された。そこには、なぜか先に乗り込んでいたKOS-MOSのほかに、サイボーグのジギー、レアリエンのモモ、船長のマシューズ、操舵手のトニー、ナビゲーターのハマー、そして謎めいた少年ケイオスらがいた。
KOS-MOSの次の配備先は、シオンの故郷でもある第二ミルチア、そしてジギーとモモの行き先も第二ミルチアであることにシオンは不思議なものを感じつつも、皆に得意のカレーを振る舞い、一行は和やかな一時を過ごす。
しかし、チェレンコフ中佐の姿はそこにはなく、彼は調整中のKOS-MOSを 見つめていた。
「こいつは―――あの時の【元型】アーキタイプなのか」と。
中佐が去った後、ケイオスもまたKOS-MOSに語りかける。
道中、巨大グノーシスに飲み込まれ、脱出後もグノーシスの大群による襲撃に 遭遇するが、KOS-MOSによるグノーシスの吸収、そして強襲艦デュランダルの協力もあり、一行はデュランダルの本拠地でもある自由軌道型コロニー 「クーカイ・ファウンデーション」へとたどり着いた。
