突如、グノーシスに襲われたクーカイ・ファウンデーションだが、ヴェクターの本拠地・曙光が出現し、ラインの乙女によって、一時的にだが、グノーシスの多くを消すことに成功した。 その曙光からシオンにＰＴカートリッジが転送される。それを組み込んだ相転移砲をKOS-MOSが発射、グノーシスの発生の源である「天の車」が出現した。そこには誘拐されたモモの反応が―――。
「ほう、この天の車を引きずり出したか。思っていたよりも早いな。おまえの中 に眠る“鍵”――探すとしようか」（アルベド）
モモを誘拐した男の名前はアルベド・ピアソラ。そして彼にはモモに瓜二つの少女がつき従っていた。
「ふん──ロクな反応もできんか。そこで黙ってみていろ、人形め」（アルベド）
「彼女――モモは、ヨアキム・ミズラヒが遺した、 ある重要な記録を持った特殊なレアリエンだからさ。 アルベドもＵ−ＴＩＣ機関もそれを求めている。ずっと以前から――」（ガイナン）
アルベドとは何者なのか？その問いにJr.はこう答える。
「俺が切り捨てた、俺自身の暗部さ――」（Jr.）
モモを救出するという同じ目的を持ちつつも反目するジギーとJr.。
「──頭の中を数字と戦略だけにしろ。激しすぎるノイズはすべてを滅ぼす。 俺が──百年前に学んだことだ」（ジギー） 「人間を数字に置き換えるようになったら、おしまいだぜ。──サイボーグ」（Jr.）
天の車はグノーシスを吸収して高エネルギーを発射し、次射の斜線軸を第二ミルチアへと向けた。天の車を破壊することは、ユリを通じて連邦政府からの正式な要請となった。モモを救出し第二ミルチアを救うべく、シオンら一行はエルザに乗り込み、天の車を目指す。
天の車での死闘は終わった。しかし、事態はそこで終わったわけではなかった。 一行が第二ミルチアに到着直後、安堵する間もなく、全域避難警報が鳴り響く。
「ES──もしかして、それはあの天の車で出現した？」（シオン）
戸惑う彼らの元に、レアリエンのカナンが現れる。
「ケイオス、お前の力が必要だ」（カナン） 「アニマの器を、復調させなくちゃならない、か」（ケイオス）
一方、第二ミルチア政府代表ヘルマーの元には、ヴェクターのＣＥＯ、ヴィルヘルムからの通信が入る。
「侵入してきたのは、E.S.２機。互角に渡り合うには、最低でももう１機、E.S.が必要でしょう」 （ヴィルヘルム）
ヴィルヘルムの申し出を内心快くは思わないヘルマーとケイオス。 しかし、地上ではリヒャルト・ヘルマンの搭乗するE.S.に対し、KOS-MOSとシオンが必死に戦っていた。
「本当なら、E.S.など、使わずにすませたい──すべて、君のシナリオ通りなのかい？」（ケイオス）
E.S.に乗り込んだJr.、ケイオス、ジギー、モモらは、シオンとKOS-MOSの元に駆けつけるが―――
本来の目的であった二局へのKOS-MOSの移管を終え、シオンは共に開発を進めていた亡き恋人を思い出しながらも、釈然としない何かを感じていた。
「どこかで、ううん、ヴェクターの中になにか、大きな意志を感じる──」
気分転換に街へと足を向けたシオンは、１軒の店を見つける。ハイスクール時代から常連だったそこに、偶然Jr.やケイオスもやってきた。しかし、その店は“彼”の常連の店でもあった。
「そうですか、シオンの──うちの愚妹［ぐまい］がご迷惑をおかけしてませんか？」（ジン）
