兄ジンと再会するシオンだったが、その逢瀬も気まずいまま、再び街へと足を向ける。そこで偶然出会ったアレンの励ましを受け、穏やかな気持ちを取り戻すのだった。
「昔ね――、嫌なことがあるといつもここへ星を見に来たんだ」（シオン）
U.M.N.管理センターでは、ユリ・ミズラヒ立会いの下、モモの解析が始まろうと していた。珍しくモモに優しい言葉をかけるユリ。しかし、Jr.はその真意を感 じ取っていた。頑なな態度を崩さない彼女に、Jr.は幼い日の秘めた約束を話す。
「ずっと話さないつもりだったんだけど、いまのユリさんを見てたら、つい──な。――」（Jr.）
ジギーは、かつてユリ同様に子供を亡くしたと語った後、 モモも自分の娘だと思えないかと彼女に提案する。
「それが眼前で起きたことでなければ、今頃──忘れられていたかもしれない。」（ジギー）
モモの解析のプロテクト解除直前、人格層を停止状態のモモが何かを訴える。アルベドが仕掛けていたトラップが発動し、Ｙ資料流出の危機が。データを破棄しようとするユリ。だがそれは、人間で言うなら命を奪うに等しい行為だった。
「（このコードを打ち込めば── Ｙ資料は守られる。迷う必要はないはず────）」（ユリ）
だが、モモは自らの意志で精神を自爆させ、ヨアキムの遺産を守りぬこうとしたのだった。一方、連邦議会には、移民船団の教皇が姿を現す。そしてミルチア紛争の謎に迫るべく、ジンに助力を求めるヘルマー。ゾハルを入手せんとする各組織の動きにより、事態は大きく動き出していた。
モモを救うため駆けつけたシオンとアレン。アレンのサポートにより、シオンらはエンセフェロンダイブするが、そこは、モモのモデルとなった少女、サクラ・ミズラヒの内的世界だった。14年前、Jr.（ルベド）がガイナン（ニグレド）やアルベド達と共に、対ウ・ドゥの訓練をしていたユーリエフ・インスティテュートやサクラの家で、シオンらは、Jr.の記憶を追体験していく。
「現実に起きた過去のできごとと、接触実験で生まれた心の交流が、 等価値に見えている──」（シオン）
「ああ、俺はもうすぐ──いちばん思い出したくない、 あの時間を──もう一度、見せつけられるんだ──」（Jr.）
母という暖かな存在を知ったユリとの出会い、標準体との確執、U.R.T.V.女性体の１人「シトリン」との出会い、そしてサクラとの幼い愛――。それはJr.の最も哀しい時への道筋でもあった。
「あなたが、669ニグレドね。会ってみたいと思っていたわ。シトリンと呼んで」（シトリン）
アルベドは、不死ともいえる再生能力をルベドとガイナンに見せつけ、誰もがこうすればいいと語る。だが、それは彼だけの能力だと知り、そこから少しずつアルベドは心が壊れていく。
「一人ぼっちは──ヤダぁっ！ルベドが死んだら、僕も死ぬぅっ!!」（アルベド） 「肉体は死なず、精神の負う恐怖だけを積み重ねてゆくとしたら── もはや世界は、永遠の牢獄でしかない。」（ジギー）
サクラの病気の原因を取り除く治療は、ミッションとして行われた。ユリと当時軍人だったヘルマーも立ち会い、過酷な試練を与えられたU.R.T.V.達に同情を見せる、だが、遺伝子上の父・ユーリエフは動じなかった。
「ならば、あれらが人だという認識をまず捨てることだ。──君もな、ミズラヒ夫人。」（ディミトリ）
サクラの下にダイブしたルベド達。そこに突如としてウ・ドゥの欠片が襲い掛かり、サクラは恐怖のあまり、逃げ出してしまう。標準体達は次々と汚染されモンスター化し、ルベドらを襲った。それらに捕まったルベドは、サクラを守るべくアルベドを行かせる。だが、ようやく駆けつけた時、サクラは―――。
「忘れるな、これはお前の記憶の再現だ。過去は変えられない──だが、 未来をあきらめるな。サクラを救えなかったお前が、今度はモモを救うのだ。」（ジギー）
Jr.の記憶はサクラの死では終わらなかった。時は、ミルチア紛争の最終局面を迎えようとしていた。
「ひとりの少女の死が招いた、星間紛争──というわけだね」（ケイオス）
今度こそサクラの死を乗り越えようとするJr.。その姿にシオンもまた、過去を乗り越える決意を新たにする
「（──Jr.くんの言うとおり、 私も、変えられない過去に こだわっちゃいけない。 そうよね、ネピリム──）」（シオン）
現実の世界では、ガイナンがJr.を案じつつ連邦主星に向かう。しかし、それは彼の意志ではなかった。
「もうじき、時が至ります。目覚めの地へ、おいでください──」（謎の声）
ネピリムの歌声装置でのウ・ドゥとの対峙、ルベドの連鎖遮断、標準体達の暴走―――。そして、ネピリムの歌声に戻ったJr.は、アルベドと対峙する当時の自身を見る。
「今日ですべてが終わる。たくさんの人が死に、この惑星は封印される──」（Jr.）
「ひゃははは、素晴らしいよ！ウ・ドゥの力は──！ ようやく手に入れたんだ！この間は、あの女に邪魔されたからねぇ───」（アルベド）
怒りに我を忘れかけたJr.。危険を察したモモの意識が戻ったことでＹ資料が流出し、その負荷によりモモの精神は今度こそ壊れようとした。その時――――
「心配しないで、ルベド──」（サクラ）
全員が無事にエンセフェロンから帰還したものの、Ｙ資料は流出。 アルベドは旧ミルチアへと至る鍵を手にする。
「ルベド、見ているか！さあ、俺たちの新世界で待ってるぜ──」（アルベド）
同じ頃、ミルチア紛争の頃に死亡したはずのディミトリ・ユーリエフが復活。その手段とは―――。
「はい、念話などという無粋な方法でこの地にお招きしたこと、 ご容赦くださいますよう。──」（シトリン）
