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ケニアのトゥルカナ湖に謎の物体ゾハルが出現したA.D.20××。

そして、T.C.4767。人類が発祥の地を捨ててから、すでに四千年余りの歳月が経った。星団連邦軍の巡洋艦ヴォークリンデは、惑星消失事件調査のため艦隊を率いて該当宙域に向かっていたが、その道中、未知の物体「ゾハル」を回収する。

同じ頃、ヴォークリンデ艦内では、人類の敵グノーシスに対抗する手段の1つ、「対グノーシス用人型掃討兵器KOS-MOS」の起動実験が仮想空間(エンセフェロン)で行われていた。KOS-MOSの開発主任・ヴェクター第一開発局シオン・ウヅキがKOS-MOSを起動させた直後、連邦軍中尉バージルが戦闘用レアリエン(合成人間)と共に、同空間に出現。

KOS-MOS、バージルの搭乗するA.G.W.S.(アンチ・グノーシス・ウェポン・システム)そして戦闘用レアリエンによる合同演習が半ば強制的に開始されてしまう。バージルは、レアリエンを備品として扱い型番で呼ぼうとするが、シオンは彼の愛称を、彼自身の名前として呼ぶのだった。

「あなたがそう呼ばれたいという意志を持ったなら――それが、あなたの名前よ」と。

合同演習を終え、配備されているレアリエン達のメンテナンスを行うシオン。
彼らとの会話にしばし心を和ませるシオンだったが、ヴォークリンデ艦内に非常警報が鳴り渡った――