本ゲームの主人公。巨大複合企業、ヴェクター・インダストリーに所属し、KOS-MOS開発計画に携わる才媛であったが、グノーシス現象にヴェクターが関わっていることに気づき、半年ほど前に退社。現在は地下組織「スキエンティア」と手を組み、ヴェクターの悪事を明るみにするべく活動を続けている。
一見すると明るく前向きな性格に見えるが、幼いころ紛争に巻き込まれて両親を亡くし、3年程前にはKOS-MOS起動実験中の事故で恋人を亡くすという辛い過去を背負っている。今作では彼女の過去に詳しく触れることにより、14年前、旧ミルチアで起こった真実、延いてはシオンの本当の役割が明らかになっていく。

旧ミルチアで暮らしていた幼い頃のシオン。母親が入院し、父は仕事で目が届かなかったため、一日の多くを一人で過ごしている。病院の花壇で母親のために花を育てていたところでケビンと出会うが…？