人類に明らかなる敵意を持って接してくる謎の生命体「グノーシス」に対抗するためにヴェクター・インダストリーによって開発された戦闘用アンドロイド…となっているが、謎めいた行動が多く、別の目的も見受けられる。本来は感情を持たない戦闘兵器のはずであるが、シオンは何度かKOS-MOSに対して「感情の揺らぎ」を
感じている。
KOS-MOSに「こころ」は存在するのか。今作ではそれが非常に重要な鍵となっていく。

シオンとアレンが設計を手がけたKOS-MOSの新型躯体。
必要に迫られて制作されたものではあるが、ヴェクター二局に
よって開発された以前の躯体（KOS-MOS Ver.3）を上回る
パワー出力が可能となっている。
それは、シオンたちの高い技術力によるものか、それとも
まだ解析できていないKOS-MOS自身の秘められた
能力によるものなのか―彼女に隠された謎は
いまだ大きいようである。