キャラクターはスキルを習得することにより、エーテルを覚えたり、ステータスを強化することができます。 スキルの習得にはSP（スキルポイント）と呼ばれるポイントが必要で、これは敵を倒すことにより入手することができます。スキルはレベル1〜4まで100種類以上存在します。 ■ エーテルスキル   バトル中やメニューで使用可能。味方を回復したり、敵を攻撃できるスキル。 前作の「エーテル」と同意味。 ■ 装備スキル   キャラクターに装備させることによりステータスを強化することができるスキル。 攻撃力アップや防御力アップなど。 ■ 習得スキル   習得した時点で戦闘中に自動的に発動されるスキル。敵の弱点を表示したり、 ステータス抵抗力をつけるものなど。 ※前作においての「エーテル」は今作ではスキルのひとつとして分類されることになります ☆マークは習得したという印だ   ？？？と表示されている部分は現時点で封印 されて使用できないスキル。G2キャンペーン の依頼を成功させると使用できるようになる

『ゼノサーガ エピソード Ｉ 』のクリアデータを持っているとKOS-MOSとジギーの水着スキルを入手することができます。このスキルを装備すると、なんとバトル中に水着のコスチュームに変身します。この2人の水着はゲーム本編中では入手不可能です。 変身シーンではありません 泳いだら沈んでしまいそうなジギーですが…      ■ ゼノサーガ エピソード�T[力への意志]・ ゼノサーガ エピソード�Tリローディッド [力への意志]（どちらかひとつ） …KOS-MOSとジギーの水着スキル＋初期所持スキルポイントのボーナス    （エピソード Ｉ クリア時のレベルによって変動します）  ■ ゼノサーガ フリークス …ハカセのドッキリイベント追加