バテン・カイトスの世界につたわる伝説によると、大昔に邪神と呼ばれる神々と、人との戦いがあった。長き戦いののち、人々はついに邪神を倒し、マグナスに封印することに成功した。エンド・マグナスと呼ばれるそれは、さらにいずこかヘ隠されたという……

そして人々は長い戦いで荒れ果ててしまった大地を捨て、大空へと人類の未来を託したとされている。
しかし、それはただの伝説であり、本当に神々との戦いがあったのか、かつて人が大地に住んでいたのかを知る人間はいない。

そして、現在。空高くに浮かんだ大陸にはいくつかの国家が存在するが、取り立てて目立つ争いもなく、平和に暮らしていた。

しかし、帝国アルファルドの皇帝ゲルドブレイムがある邪悪な計画を行動に移したことから、世界は不穏な空気に包まれる。
ゲルドブレイムの計画、それは大昔に倒したという邪神、マルペルシュロを封じ込めたエンド・マグナスを集め、邪悪なる力を復活させ、我が物にしようというもの。

一方、帝国アルファルドに仇がいる主人公・カラスは、旅の途中でシェラと出会い、行動を共にするようになる。