前作『エースコンバット２』でも驚きの進化を遂げたグラフィックスが、今回もパワーアップ。迫力の戦闘機や数多くの建造物などはもちろん、空に浮かぶ雲や気流の動きまでも表現。またメニューや全体のデザインでは、今までのエースコンバットシリーズとは違う趣きでお届けします。もちろんサウンド面でもパワーアップ。ＢＧＭを始めとして、臨場感抜群のＳＥでゲーム全体を盛り上げます。 『エースコンバット3 エレクトロスフィア』では「プレイヤーの意志」をミッションやストーリー展開に反映させる、ストーリー分岐システムを採用しました。

前作『エースコンバット２』では、ゲーム中盤で登場する２つの作戦のどちらに参加するかを決定する事が出来ました。今回の『エースコンバット３ エレクトロスフィア』では、これをさらにパワーアップ。なんとシューティングシーン中のプレイヤー自らの行動がストーリーを形作っていくのです。例えば作戦中の不可解な命令変更、上官の命令に従うのか？はたまた、共に戦ってきた僚友を信じるのか？プレイヤーの決断がその後のストーリー展開に大きく影響を与えます。

プレイヤーの決定がストーリーを変えていきます。例えば、今いる組織を見限って別の軍隊へと移籍する事も…。