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第二ミルチアエアポートへ到着したエルザ。シオンは命令どおりKOS-MOS引渡しのためJr.たち一行と別れてアレンとヴェクター二局を目指す。

二局でシオンはKOS-MOSの第3種兵装のデータを見せられる。
戦闘兵器であるはずのKOS-MOSだが、シオンは KOS-MOSに対して妹のような感情を抱いていた。

シオンは、KOS-MOSを引き渡すことに拒絶の意思を示してしまう。

ジンとシオンは１３歳年の離れた兄弟である。シオンが実家に帰ると、医者であったはずの実家は古書屋へと様変わりしていた。

兄に食って掛かるシオンだが、ジンは飄々としている。けんかをしながらも一見仲のよい兄弟かにみえるが、二人の間には目に見えない溝がある。

両親の話しになると逆上するシオンの姿がそれを物語っている。

第二ミルチアに降下する貨客船エルザの中。危機を脱出したシオンたち一行は安堵の思いで海面を見つめていた。緊張も解け、船内に砕けた雰囲気があふれ出す。

ふざけるJr.とアレン。
アレンの体がバランスを崩した瞬間―――パキリ。

どこまでも迷惑な男、アレン。






モモはユリの亡き娘、サクラに似せられて作られた。そのため、ユリはモモを見ると辛い過去を思い出してしまう。モモは第二ミルチアにユリが来ていることを知り、会えることを喜ぶが、ユリはモモの目を見ることができない。ユリに会えることを楽しみに、Ｙ資料の解析作業に臨むモモだったが、ユリは駆け寄るモモをかたくなに拒んでしまう……そんな二人を見て、ジギーはユリに「モモをサクラの代わりではなく、サクラの妹として考えられないか」という提案をするが……

モモの開発者、故ヨアキム・ミズラヒが残した研究資料のことで、彼女の深層意識の中に封印されているデータのこと。前作においてＵ－ＴＩＣ機関と連邦政府がこの資料をめぐって激しい攻防戦を繰り広げたことから、Ｙ資料の重要性が見て取れる。今回、このＹ資料のプロテクトを解除、情報の解析をするために、モモは第二ミルチア、Ｕ．Ｍ．Ｎ．管理センターへ移送される途中だった。ちなみにカナンにはその作業のバックアップ役として協力する命令が出ている。

グノーシス現象に対処するために連邦政府によって設立された研究委員会。ユリを含む７人の専門委員が中枢機能の役割を果たし、それ以外の委員の数を合わせると小委員会といいながらも2000人あまりにも及ぶ。モモの解析作業はこの接触小委員会が中心となって進めている。

U.M.N.管理センターを目指すJr.達に、「M.O.M.O.」を奪取しようとペレグリー達の追撃がかかる。激しい攻撃に次々と民間車が巻き込まれる中、なんとか追っ手を振り切って工業地帯に逃げ込んだJr.たちだったが、ヘリポートにたどり着いたところで、とうとう行く手を阻まれてしまう。

ピンチと思われたそのとき、カナンの乗ったE.S.アシェルが救助に登場する。ペレグリーの操るE.S.イサカルと激しい攻防戦を繰り広げるも、 E.S.アシェルは捕らえられてしまう。
しかしそのとき、E.S.イサカルとE.S.アシェルとの間に共鳴現象が起こり、互いの機体の制御が利かなくなってしまう――