最大140試合からなる「ペナントモード」はもちろん、選手を育成できる「アスナロモード」など、前作で大好評だった各モードは『熱チュー！プロ野球2003 秋のナイターまつり』も引き続き搭載します。

セ・パ両リーグ12球団の中から、お好きなチームを使ってペナントレースを戦い抜くモードです。また、エディットモードで作成した球団を自分の球団や相手チームの球団としても使うこともできます。ペナントモードの期間は５年だからやりこみ度も充分！

１試合きりで行うモードです。「1P vs COM」「1P vs 2P」「COM vs COM」の３つの試合形式から遊びたいもの選ぶことができます。エディットモードで作成したチーム同士の対戦は盛り上がること間違いなし！

12球団+２チーム（オールセントラル・オールパシフィック）と、エディットチームの中から１チームを選択して操作練習ができるモードです。はじめての人はここで練習だ！

12球団をベースに自分の好きな選手をトレードして獲得できます。また、アスナロモードで作成した選手を好きなチームに入団させることも可能です。自分だけの最強オリジナルチームを作ろう！

オリジナル選手１名を作成し、ピッチャーなら投球。野手なら打撃だけを行ってMVPを目指すモードです。１ヶ月ごとに選手を成長させていくことができます。めざすは超一流選手だ！

既存の選手を１人選択し、成長させていくモードです。基本はアスナロモードと同じですが、選択した選手の入団から退団まで複数年プレイできるのがこのジンセイモード。好きな選手を自分の手で成長させていこう！

ペナントもしくはオープンの試合結果を10試合まで記録できます。１試合につき、スコア票とリプレイ映像もいっしょに保存できます。記憶に残る名勝負を記録しよう。