“四つの鐘”に宿る力で調和が保たれている世界“ルーナティア”。そのルーナティアには、闇の鐘<五つめの鐘>が生まれ、世界に暗雲が立ち込めようとしていました。
年中嵐に包まれた大波のうねる海。
海の中心に位置するクレアの島には、古ぼけた巨大な女神像が泪の海を見守っています。
そんなとき、ロロとポプカに出会った「泪の海」から始まるクロノアの冒険は、ルーナティアを舞台に繰り広げられます。
ラ・ラクーシャとミラ・ミラの間を隔てるひそかの湖にたたずむ、大昔の箱船の残骸。イシュラスと呼ばれたこの船は、かつてはルーナティア全土を飛び回っていたと言われるのですが……。